詳解:代謝組學(xué)鑒定新?lián)ψC-代謝物鑒定金標(biāo)準(zhǔn)!
代謝物鑒定金標(biāo)準(zhǔn):
什么叫可信代謝物?簡(jiǎn)單來(lái)講,通過(guò)多維度的匹配后能相對(duì)較為準(zhǔn)確的得到注釋的代謝物,這些代謝物就可以成為可信代謝物。那么多維度是指的那些維度呢?一般情況下,基于液相色譜質(zhì)譜的非靶向代謝組學(xué)目前鑒定和定性的維度有三個(gè):RT(Retention time)保留時(shí)間;MS1(一級(jí)質(zhì)譜);MS2(二級(jí)質(zhì)譜)。
接下來(lái)給大家介紹一下三個(gè)維度的相關(guān)內(nèi)容:
RT:保留時(shí)間,是指從進(jìn)樣開(kāi)始到某一組分濃度達(dá)到最大值所需要的時(shí)間;簡(jiǎn)單點(diǎn)說(shuō),就是該物質(zhì)的實(shí)際出峰時(shí)間,理論上來(lái)說(shuō),相對(duì)穩(wěn)定的色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀,在色譜柱以及流動(dòng)相等體系一致的情況下,單個(gè)代謝物的保留時(shí)間長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)應(yīng)該穩(wěn)定在某個(gè)數(shù)值的較窄波動(dòng)范圍內(nèi);?
MS1:一級(jí)質(zhì)譜,一般指的是檢測(cè)到的帶電離子的質(zhì)荷比,在代謝組學(xué)的質(zhì)譜檢測(cè)過(guò)程中,一級(jí)質(zhì)譜和代謝物的分子離子峰有著密切的關(guān)聯(lián),通常我們稱此聯(lián)系為離子加和模式,理論分子量通過(guò)某種離子加和形式得到的就是我們常說(shuō)的一級(jí)質(zhì)譜(MS1),在代謝組數(shù)據(jù)中,通常用來(lái)評(píng)價(jià)代謝物鑒定準(zhǔn)確度的一級(jí)質(zhì)譜信息為質(zhì)荷比的質(zhì)量精度,即實(shí)際檢測(cè)的化合物的MS1和理論上的質(zhì)量數(shù)進(jìn)行質(zhì)量精度的計(jì)算,所以一般來(lái)說(shuō),控制一級(jí)質(zhì)譜的質(zhì)量精度就能控制代謝物鑒定的準(zhǔn)確度,質(zhì)量精度越小,誤差越小。
MS2:二級(jí)質(zhì)譜:按照一定的規(guī)則進(jìn)行母離子的選擇,再把選擇后的母離子進(jìn)行碰撞打碎后得到的質(zhì)譜碎片即為該母離子的二級(jí)質(zhì)譜;目前高分辨質(zhì)譜使用較為常見(jiàn)的母離子選擇的規(guī)則為DDA采集模式,即數(shù)據(jù)依賴性采集模式,采集規(guī)則通常為按照采集到的一級(jí)質(zhì)譜(母離子)的信號(hào)強(qiáng)度排列,將Top N的一級(jí)質(zhì)譜選擇設(shè)置進(jìn)行打碎,再采集其對(duì)應(yīng)的二級(jí)質(zhì)譜碎片,目前二級(jí)質(zhì)譜是高分辨液相色譜質(zhì)譜進(jìn)行代謝物鑒定最常用的維度之一;
經(jīng)典文獻(xiàn)中關(guān)于代謝物鑒定標(biāo)準(zhǔn)的示例:
CELL | 孕婦的新陳代謝可預(yù)測(cè)妊娠年齡和分娩時(shí)間
文中關(guān)于代謝物鑒定的描述如下所示:
Gut Microbes | 以粘蛋白聚糖為食的活潑瘤胃球菌在腸道和大腦通訊中的作用
文中關(guān)于代謝物鑒定的描述如下所示:
Cell Metabolism | 菌群的脯氨酸代謝改變影響抑郁癥
文中關(guān)于代謝物鑒定的描述如下所示:
Nature Aging | 極長(zhǎng)壽老人宏基因組和代謝組的重塑及其與遺傳和社會(huì)經(jīng)濟(jì)因素的關(guān)系
文中關(guān)于代謝物鑒定的描述如下所示:
CELL | COVID-19重癥患者血清蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)生物標(biāo)志物篩選?
文中關(guān)于代謝物鑒定的描述如下所示:
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