卡方(χ2)檢驗

連續(xù)性數(shù)據(jù)的χ2指多個相互獨立的正態(tài)離差平方值的總和。

分布特點：

• 取值范圍為[0,∞)

• 平均數(shù)為μ

• 分布圖形為一組具不同自由度v值的曲線，自由度小時呈偏態(tài)，隨著自由度增加，偏度降低，至+∞時，呈對稱分布。

適合性檢驗

指根據(jù)調(diào)查結果測驗未知總體是否符合已知理論規(guī)律的統(tǒng)計方法，也叫擬合優(yōu)度(goodness of fit)檢驗。

常見于次數(shù)分布資料的觀察次數(shù)與理論次數(shù)的分布。

獨立性檢驗

又叫次數(shù)資料的相依性檢驗，是檢驗兩個方向上數(shù)據(jù)資料的表現(xiàn)是相互獨立的還是相互影響的一種統(tǒng)計分析方法。

卡方檢驗的一般步驟

1.做出零假設

2.統(tǒng)計資料觀測次數(shù)和理論次數(shù)

3.計算χ2值和p值

4.進行統(tǒng)計推斷

適合性檢驗

1.假設現(xiàn)有大豆花色一對等位基因的遺傳研究，在F2獲得分離，產(chǎn)生紅花(AA)、粉色花(Aa)、白花(aa)三種表型。 分析基因F2群體分離情況(example5-1.csv)是否符合孟德爾分離比。

2.假設有一水稻遺傳試驗，以非糯品種與糯性品種雜交，其F2代性狀會按非糯(A1)和糯性(A2)分離(example5-2.csv)。根據(jù)觀測結果推測糯性性狀的遺傳模式。?

①一對基因控制，3:1?

②兩對基因隱性抑制, 9:7?

③兩對基因顯性互補, 15:1

獨立性檢驗

假設有460粒小麥種子，現(xiàn)調(diào)查其是否經(jīng)過滅菌處理及發(fā)生散黑穗病的情況(example5- 3.csv)。分析種子是否滅菌(A1、A2)與是否發(fā)生散黑穗病穗(B1、B2)有關。

適合性檢驗-遺傳群體偏分離和雜合度檢驗

假設現(xiàn)有一個玉米重組自交系F6群體，共192個株系，現(xiàn)取其第1染色體上前20個SNP標記基因型，0為缺失，1為AA，2為TT，3為雜合AT(example5-4.csv)。試估計這20個SNP標記的偏分離和雜合度情況是否符合理論值。

獨立性檢驗-基因型與性狀關聯(lián)分析

假設有約500個玉米自交系，玉米棒子軸色存在紅軸(1)和白軸(0)分離，已知控制玉米軸色的基因p1在第1染色體?，F(xiàn)有通過Golden Gate芯片獲得的SNP基因型數(shù)據(jù)(example5-5-1.csv)和自交系的軸色數(shù)據(jù)(example5-5-2.csv)。是通過統(tǒng)計方法(case-control association)估計軸色基因p1的大致位置。