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原創(chuàng)?小果?生信果

目前大多使用clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析，但需要R語言進(jìn)行編程。但其實(shí)cytoscape軟件也可以進(jìn)行富集分析，因?yàn)榫哂锌梢暬慕缑姹容^容易操作，直接將研究基因粘貼即可，下面小果就來演示下操作

1、安裝ClueGO插件

我們使用cytoscape的ClueGO插件進(jìn)行富集分析，首先我們進(jìn)入App?Manager

搜索ClueGo，點(diǎn)擊安裝，這里小果是已經(jīng)安裝好了的，所以顯示Installed

安裝完之后我們還需要申請(qǐng)license才能使用，進(jìn)入網(wǎng)站http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml??輸入基本信息和郵箱即可

大概等個(gè)3天，就收到郵件了，有人提到郵箱會(huì)影響收許可證，我這里使用的是163郵箱

2、進(jìn)行富集分析

我們?cè)赼pps?一欄 點(diǎn)擊 ClueGO

即可使用ClueGO插件

點(diǎn)擊熊掌圖標(biāo)，下載所需物種的數(shù)據(jù)庫

打鉤后點(diǎn)Downlod下載即可

輸入研究基因集

勾選GO和KEGG富集分析

設(shè)置參數(shù)，我這里為了演示調(diào)低了閾值，一般默認(rèn)參數(shù)即可

點(diǎn)擊start

選擇感興趣的區(qū)域，輸出圖片即可

注意這里

節(jié)點(diǎn)表示富集通路

節(jié)點(diǎn)的連線表示通路之間存在共有的基因

顏色表示該節(jié)點(diǎn)的富集分類

今天的分享就到這里了，歡迎小伙伴們有問題來找小果交流討論哦。

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