小伙伴們有沒有發(fā)現(xiàn)大多數(shù)生信是在“轉(zhuǎn)錄組”里轉(zhuǎn)圈圈，有些做多組學(xué)分析的才會加一點(diǎn)基因組或表觀組數(shù)據(jù)···

那既然現(xiàn)在常規(guī)生信卷起來了，小云推薦大家跳出慣性思維，不一定非要在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)里找思路呀，基因組方向（突變、拷貝數(shù)變異等等）或表觀組方向（甲基化、泛素化、組蛋白修飾等等）也可以用起來嘛！沒有常規(guī)方向內(nèi)卷，發(fā)文空間還大，何樂不為呢？

這次小云要分享的方向是“突變”，突變方向是基因組相關(guān)分析中的一個大頭，也是腫瘤臨床中比較關(guān)注的一個點(diǎn)（常見于癌基因的突變）。所以這個方向的熱度還是可以的，雖然不及細(xì)胞死亡等生信大熱點(diǎn)，但發(fā)文競爭壓力也比較小呀，并且更加貼近臨床，也是一個可以深耕的方向哦（ps：小云之前也分享過小眾生信分析方向，感興趣的小伙伴可以點(diǎn)擊文末鏈接或公眾號主頁搜索觀看哦）。?

?還是用實(shí)例說話！分享一篇研究KRAS突變對預(yù)后影響的文章，利用自有隊(duì)列靶向測序數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)集，只做了最簡單的預(yù)后分析，就用4張圖拿下了6分+的文章，這創(chuàng)新性是不是很絕？想走這條路的小伙伴，快碼住這個思路換個癌種去復(fù)刻吧！

l?題目：KRAS G12C突變與手術(shù)切除的ⅰ期肺腺癌疾病復(fù)發(fā)的風(fēng)險

l?雜志：Lung Cancer

l?影響因子：IF=6.081

l?發(fā)表時間：2023年5月

研究背景

KRAS基因是實(shí)體瘤中最常突變的癌基因之一，在大約33%的肺腺癌(LUAD)樣本中發(fā)現(xiàn)了KRAS突變，在大約12-15%的LUAD樣本中發(fā)現(xiàn)了KRAS-G12C突變。目前還不清楚它們是否與切除的I期LUAD患者更差的生存結(jié)果有關(guān)。由于KRAS-G12C抑制劑在KRAS-G12C突變的晚期非小細(xì)胞肺癌中顯示的功效，確定KRAS-G12C突變是否影響符合手術(shù)切除的患者的疾病復(fù)發(fā)是至關(guān)重要的。

數(shù)據(jù)來源

研究思路

在一個切除的I期LUAD隊(duì)列(IRE隊(duì)列)中利用KM曲線和Cox回歸分析評估了KRAS-G12C突變腫瘤與KRAS-non12C突變腫瘤和KRAS野生型腫瘤間的DFS預(yù)后差異。然后作者再利用公共數(shù)據(jù)集(TCGA-LUAD，MSK-LUAD)在外部隊(duì)列中進(jìn)一步檢驗(yàn)該假設(shè)。

主要結(jié)果

1. IRE隊(duì)列中I期LUAD的KRAS突變和生存結(jié)果分析

IRE隊(duì)列中104例手術(shù)切除的I期LUAD的NGS靶向測序結(jié)果顯示，在47%的樣本中發(fā)現(xiàn)了KRAS突變，KRAS-G12C突變和KRAS-non?12C突變分別在24%和23%的樣本中發(fā)現(xiàn)。在7%的樣本中發(fā)現(xiàn)了EGFR突變，并且與KRAS突變相互排斥（表1）。在不同突變組中進(jìn)行KM生存分析以評估預(yù)后差異，發(fā)現(xiàn)有KRAS突變和無突變的患者在DFS上沒有顯著差異（圖1a），與KRAS野生型或具有KRAS-non?12C突變的腫瘤相比，病理I期KRAS-G12C突變腫瘤具有相似的DFS（圖1b）。多變量Cox分析發(fā)現(xiàn)，KRAS-G12C突變與較差DFS獨(dú)立相關(guān)，HR為2.47(95% CI 1.09–5.59)（圖1c）。（ps：cox回歸分析、KM曲線繪制也可以用小云新開發(fā)的零代碼生信分析小工具實(shí)現(xiàn)，云生信分析工具平臺包含超多零代碼分析和繪圖小工具，上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖，感興趣的小伙伴歡迎來嘗試喲，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。

表1?患者基線特征

圖1?IRE隊(duì)列中I期LUAD的KRAS突變和生存結(jié)果

2.?TCGA隊(duì)列中I期LUAD的KRAS突變和預(yù)后分析

在TCGA LUAD隊(duì)列中確定了192名符合條件的I期患者，在不同突變組中進(jìn)行KM生存分析以評估預(yù)后差異，結(jié)果顯示具有KRAS突變的I期腫瘤患者和沒有KRAS突變的I期腫瘤患者之間的DFS沒有顯著差異（圖2a），與KRAS野生型或具有KRAS-non?12C突變的腫瘤相比，病理I期KRAS-G12C突變腫瘤具有相似的DFS（圖2b）。多變量分析顯示，KRAS-G12C突變與較差的DFS無關(guān)(HR 1.81，95% CI 0.78–4.2)（圖2c）。

圖2 TCGA隊(duì)列中I期LUAD的KRAS突變和預(yù)后分析

3.?MSK-LUAD隊(duì)列中I期LUAD的KRAS突變和預(yù)后分析

在MSK- LUAD隊(duì)列中中確定了447名符合條件的I期患者，在不同突變組中進(jìn)行KM生存分析以評估預(yù)后差異，結(jié)果顯示具有KRAS突變的腫瘤患者和沒有KRAS突變的腫瘤患者之間的RFS沒有顯著差異（圖3a），與具有KRAS-non?12C突變的腫瘤相比，病理I期KRAS-G12C突變腫瘤具有更差的RFS（圖3b）。多變量分析顯示，KRAS-G12C突變與較差的RFS無關(guān)，而KRAS-non G12C突變與較好的RFS相關(guān)(HR 0.29，95% CI 0.10–0.87)（圖3c）。

圖3?MSK-LUAD隊(duì)列中I期LUAD的KRAS突變和預(yù)后分析

4. 三個隊(duì)列的匯總分析

作者最后對三個隊(duì)列進(jìn)行了匯總分析，KM曲線顯示，與具有KRAS突變的I期腫瘤患者和沒有KRAS突變的I期腫瘤患者相比，具有KRAS-G12C突變的腫瘤具有更差的DFS（圖4a）。多變量分析顯示，KRAS-G12C突變與較差的DFS相關(guān)（HR 1.61, 95% CI 1.01–2.56）（圖4b）。

圖4?三個隊(duì)列的匯總分析

小結(jié)

這篇文章聚焦于KRAS突變，集合了自有大隊(duì)列靶向測序數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)集進(jìn)行了簡單的生存預(yù)后分析，選題方向雖不是生信大熱點(diǎn)，分析方法也非常簡單，但達(dá)到的效果相當(dāng)不錯，僅用4張圖就發(fā)到了6分+的文章！突變方向的選擇和自有大隊(duì)列數(shù)據(jù)的應(yīng)用是主要提分點(diǎn)，想用這個方向發(fā)文的朋友們，趁著現(xiàn)在發(fā)文競爭比較小、空間大，盡快上車哦！