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題目：

確定DNA子序列出現(xiàn)的位置

Given: Two DNA strings s and t (each of length at most 1 kbp).

所給：兩條DNA序列s和t，長度均不超過1kb。

Return: All locations of t as a substring of s.

需得：t是s的子序列，找到t在s中出現(xiàn)的所有位置。

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測試數(shù)據(jù)

GATATATGCATATACTT

ATAT

測試輸出

2 4 10

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背景

模序（Motif）通常指一段核酸或氨基酸序列，在具有同源性的基因或蛋白質(zhì)中重復(fù)出現(xiàn)，具有其特征的序列，通常有生物學(xué)意義。分子生物學(xué)中的一個(gè)重要研究內(nèi)容就是定位模序出現(xiàn)的位置。

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思路

Python中字符串雖然有.find()方法，但僅能返回子串第一次出現(xiàn)的位置，因此需要自己編寫命令查找。我選用的方法是將與子串長度相同的字符串挨個(gè)取出比較，相同則輸出位置。

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Python知識點(diǎn)

一個(gè)字符在某字符串中的位置是指其左側(cè)所有字符的數(shù)目（包括其自身），Python計(jì)數(shù)時(shí)從0開始。

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代碼

f = open('rosalind_subs.txt', 'r')

s = f.readlines()

f.close()

seq1 = s[0].strip()

seq2 = s[1].strip()

i = 0

while i < len(seq1)-len(seq2):

??? if seq1[i:i+len(seq2)] == seq2:

??????? print(i+1, end=" ")

??? i = i + 1