《生信小院》公眾號(hào)也開通了一段時(shí)間，期間分享了自己使用R語(yǔ)言的一些腳本與數(shù)據(jù)分析的一些心得。但是總覺得這樣零零總總的介紹無(wú)法能夠系統(tǒng)的幫助別人學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)分析以及數(shù)據(jù)可視化工作。正好本公眾號(hào)曾經(jīng)分別使用java和python編寫了一個(gè)數(shù)據(jù)分析的GUI程序Multi-omics Hammer軟件（打包成jar軟件）和可視化的GUI程序Multi-omics Visual軟件（打包成exe軟件），現(xiàn)正式先將Multi-omics Hammer發(fā)布出來(lái)（Github地址為https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer），歡迎各位讀者下載使用并多提意見，幫助改進(jìn)相關(guān)程序。只是改進(jìn)的進(jìn)度可能要全憑本人時(shí)間安排，無(wú)法強(qiáng)求（因?yàn)橹鳂I(yè)更重要）。接下來(lái)，本篇先介紹一下Multi-omics Hammer軟件的由來(lái)和相關(guān)的信息。

首先，介紹一下Multi-omicsHammer軟件的logo吧。

顧名思義，中文名為多組學(xué)錘子，就是用來(lái)撬開多組學(xué)分析這塊硬骨頭的一把錘子（只是愿景，無(wú)法實(shí)現(xiàn)）。當(dāng)然，現(xiàn)如今，‘錘子’已經(jīng)相當(dāng)之多，本錘子可能功能與其他錘子有重疊，但是也有自身的一些優(yōu)勢(shì)吧，比如說(shuō)更適合一開始做生信分析的人。偏題了，介紹一下本logo的含義吧。當(dāng)今各種組學(xué)技術(shù)層出不窮，包括轉(zhuǎn)錄組學(xué)，蛋白組學(xué)、基因組學(xué)等等，很好的幫助人們解開各種生物現(xiàn)象。這些組學(xué)的基礎(chǔ)是以核酸和氨基酸為代表。因此，本logo的字母部分也是以這個(gè)為靈感。其中第一列的每三個(gè)英文字母分別代表一個(gè)密碼子，而三個(gè)密碼子下面的字母則代表由這個(gè)密碼子翻譯的氨基酸。這三個(gè)氨基酸組成的單詞就是ant，也就是螞蟻。表明軟件本作者目前（未來(lái)不好說(shuō)）希望像一個(gè)螞蟻一樣，勤勤懇懇在人們走向生物世紀(jì)（小學(xué)的時(shí)候就被忽悠了，目前還看不到這一傾向）的過(guò)程中做出一點(diǎn)點(diǎn)微博的力量。

其次，介紹一下本軟件開發(fā)的初衷。該軟件開發(fā)的初衷是因?yàn)楫?dāng)時(shí)做轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的數(shù)據(jù)分析，需要在linux系統(tǒng)下撰寫許多許多的腳本，但是這些腳本無(wú)法在windos下運(yùn)行，因此思考是否能寫一個(gè)軟件實(shí)現(xiàn)windows下分析數(shù)據(jù)的功能。雖然，linux在數(shù)據(jù)分析方面具有顯而易見的優(yōu)勢(shì)，但是對(duì)于一些簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)分析，或許可以在windows上實(shí)現(xiàn)。

上圖是軟件開發(fā)的簡(jiǎn)單架構(gòu)吧，主要包括以下幾大項(xiàng)功能：比對(duì)（Aligment）、Blast結(jié)果可視化（Blast_visual）、基因組相關(guān)（Genome_relate）、圖論工具（Graph_theory）、軟件說(shuō)明（Help）、引物序列處理（Primer）、序列處理套件（Sequence_operation_kit）、公共方法（Publicmethod）、集合處理（Set_operation）和矩陣化數(shù)據(jù)處理（Data_process_as_matrix），其中矩陣化數(shù)據(jù)處理（Data_process_as_matrix）已經(jīng)在以下幾篇推文中做了介紹（本軟件之前曾命名為Cptools軟件），后面的推文將先以此軟件為基礎(chǔ)進(jìn)行介紹。

Data_process_as_matrix:

《數(shù)據(jù)的矩陣化操作一》

《數(shù)據(jù)的矩陣化操作二》

《數(shù)據(jù)的矩陣化操作三》

最后，總結(jié)一下。對(duì)于專搞計(jì)算的，可能不屑于寫這種軟件，而對(duì)于專做實(shí)驗(yàn)的，可能沒時(shí)間寫這種軟件。所以對(duì)于我這種兩邊都不擅長(zhǎng)的人，正好充分發(fā)揮自己的劣勢(shì)，鼓搗一下。