腸道微生物以其龐大的數(shù)量和基因組數(shù)目被稱為人體的另一個“器官”，也被稱為人體的“第二基因組”。這些微生物主要通過小分子代謝產(chǎn)物與機體進行密切的相互作用，影響機體的代謝、免疫、疾病以及神經(jīng)系統(tǒng)等多個方面，如消化吸收能力、抵御感染風險的能力以及對疾病治療藥物的反應等，在機體的生理病理以及穩(wěn)態(tài)調(diào)節(jié)中起著重要的作用。

轉錄組是指在特定發(fā)育階段或生理條件下轉錄得到的所有mRNA 分子的集合，是基因表達的中間狀態(tài)，可以作為橋梁將基因表達與下游的最終翻譯物質(zhì)聯(lián)系起來，在整體水平上研究基因轉錄及轉錄調(diào)控的規(guī)律。代謝組是基因轉錄的最終結果，將轉錄組與代謝組聯(lián)合起來研究腸道微生物，可以探究基因表達與代謝物的間接聯(lián)系、因果關系，從原因和結果兩個層面系統(tǒng)全面的解析生物分子功能和調(diào)控機理，同時可以結合功能注釋和代謝通路富集等生物信息學分析，篩選重點代謝通路、基因以及代謝產(chǎn)物進行后續(xù)深入研究，建立相關代謝通路的分子生物學變化機制模型。

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