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每日科研進展l2022.08.07l比較轉(zhuǎn)錄組分析顯示W(wǎng)SSV IE1蛋白在DNA復(fù)制控制起關(guān)鍵作用

2023-08-31 12:13 作者:RNA生物農(nóng)藥  | 我要投稿


比較轉(zhuǎn)錄組分析顯示W(wǎng)SSV IE1蛋白在DNA復(fù)制控制中起著關(guān)鍵作用

對于DNA病毒,早期(IE)蛋白通常是操縱宿主機制以支持病毒復(fù)制的重要調(diào)節(jié)因子。最近,由白斑綜合征病毒(WSSV)編碼的IE蛋白IE1被證明是一種轉(zhuǎn)錄因子。

然而,在病毒感染期間IE1的靶基因仍然知之甚少。在這里,我們利用RNAi結(jié)合轉(zhuǎn)錄組測序分析探索了IE1的宿主靶基因。

圖 1. RNAi抑制IE1基因及后續(xù)轉(zhuǎn)錄組測序樣本準備

從對蝦中共鑒定出429個差異表達基因(DEG),其中284個基因在IE1敲除后上調(diào),145個基因下調(diào)。

圖 2. qPCR驗證差異基因

GO和KEGG途徑富集分析顯示,已鑒定的DEG在微染色體維持(MCM)復(fù)合物和DNA復(fù)制中顯著富集,表明IE1在DNA復(fù)制控制中起著關(guān)鍵作用。

圖 3. GO、KEGG對差異基因的聚類分析

此外,研究發(fā)現(xiàn),凡納濱對蝦MCM復(fù)合基因在WSSV感染后顯著上調(diào),而RNAi介導(dǎo)的PvMCM2敲除降低了感染早期的病毒基因表達和病毒載量。

圖 4. WSSV感染后凡納濱對蝦MCM復(fù)合基因上調(diào)

最后,我們證明了IE1的過度表達促進了昆蟲High Five細胞中MCM復(fù)合基因的表達以及細胞DNA的合成。

圖 5. RNAi干擾PvMCM2基因抑制早期感染階段的WSSV復(fù)制


圖 6. IE1的過度表達促進了MCM復(fù)合基因的表達和High Five細胞中的細胞DNA合成

總的來說,目前的數(shù)據(jù)表明WSSV IE1蛋白是一種病毒效應(yīng)子,調(diào)節(jié)宿主DNA復(fù)制機制以進行病毒復(fù)制。


原文鏈接:

https://doi.org/10.3390/ijms2315817

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