第一部分：

因為通緝令，3606被迫持續(xù)逃跑，在即將離開C區(qū)時因為大廳被摧毀而不得不進入C區(qū)下水道。

馬特被安全部門救出，并特意向安全部隱瞞了傳送門有關(guān)的事故信息。

傳送門進一步擴大，基地高層不得不下令放棄并封鎖已無法聯(lián)絡(luò)的C區(qū)和受損嚴重的D區(qū)，授予馬特權(quán)限對關(guān)閉傳送門進行研究。

安全部開始疏散基地人員，并限定12號站作為唯一疏散通道。然而安全部因為專注于搜捕3606，12號站遭到了不明攻擊。安全部在收到求救信號后命令所有安防武裝單位前往12號站，也因此3606得以從兩名安防武裝手中逃脫。然而前往12號站的安防武裝很快就失聯(lián)了，安全部不得不封鎖所有出入口并向軍方申請支援。

第二部分：

軍方掌控者扶風（Fortfone）將軍早就有深入調(diào)查基地的決心，于是在派遣軍隊進入基地的同時，讓多名先前安插在基地的線人對事故進行調(diào)查。但僅有情報干員瓦妮婭·卡拉（Vania Kalla）成功和基地內(nèi)部人員取得聯(lián)絡(luò)，并獲取了關(guān)鍵的情報。

她的聯(lián)絡(luò)方是早已落單的安防武裝克勞德·豪斯（Claude Hause）和情報收集專家邁爾斯·法里森（Maiers Farreson），他們在D區(qū)的災(zāi)害污染區(qū)域建立了避難所，并成功獲得了有關(guān)事故和異形入侵的一手資料，隨后他們和瓦妮婭取得聯(lián)絡(luò)并展開合作。但就在瓦妮婭拿到資料，準備和扶風將軍派來的軍隊在D區(qū)出口地面接頭時，雙方通訊突然中斷。瓦妮婭也似乎陷入了危險，需要人手增援。

此時，安全部與馬特合作。因為12號站已經(jīng)失聯(lián)，所以馬特只能用12號站的廣播尋找3606并將其引導(dǎo)至4號站，安全部則在4號站布下天羅地網(wǎng)準備抓捕3606。而馬特的廣播恰好被邁爾斯收集到。于是克勞德守在3606的必經(jīng)之路上，用馬特的信息作為交換讓3606幫助瓦妮婭和將軍會合。

就在3606前往地面時，D區(qū)出口的防衛(wèi)系統(tǒng)突然啟動。接頭的士兵陷入混亂并逃離，瓦妮婭也陷入危險之中。在其他士兵撤退的時候，她開始獨自尋找關(guān)閉防衛(wèi)系統(tǒng)的方法，并在地堡為3606留下了許多提示信息。

她給3606留下了路標并指示他向自己的方向靠攏。隨后她決定用炸藥摧毀防衛(wèi)塔。但就在啟動時，導(dǎo)線被炸斷了。在瓦妮婭的指示下，3606連接了導(dǎo)線并炸毀了防衛(wèi)塔，隨后3606迅速躲入樓內(nèi)，避開輸油管爆炸后和瓦妮婭會合。

瓦妮婭懷疑有人在暗中搗鬼，隨后大量怪物突然出現(xiàn)擋住了返程的道路，外界地面也被更多的防衛(wèi)火力淹沒。克勞德決定讓邁爾斯引導(dǎo)兩人前往避難所，自己重新尋找前往12號站的辦法。

瓦妮婭主動引開怪物群，3606繞了一圈重新回到地下，并在關(guān)鍵時刻打開逃生通道，救出被困的瓦妮婭。兩人合作抵擋怪物群，并和邁爾斯會合返回避難所。

返回避難所的克勞德把前往12號站的方法告訴了3606，于是3606和眾人分離，穿過運輸線去尋找馬特的留言。而瓦妮婭和眾幸存者一樣被困在基地的災(zāi)區(qū)內(nèi)，于是她也加入克勞德隊伍尋找離開基地的方法。

第三部分：

然而當3606抵達12號站時，發(fā)現(xiàn)這里已經(jīng)被異形攻陷，無人生還。在和異形的作戰(zhàn)中，3606墜入一個會議室，發(fā)現(xiàn)了馬特的廣播內(nèi)容。與此同時，安全部也在12號站發(fā)現(xiàn)了3606的蹤跡，并按照計劃使用廣播引導(dǎo)他的行動。馬特在廣播的同時向基地主管部門申請，借用E區(qū)的廢棄筒倉進行進一步的驗證實驗，確認消滅傳送門的辦法。

而直到此時，安全部才大概明白事故是異形的入侵而不是暴動。安全部部長波爾·蘇伊（Bor Suey）對于出現(xiàn)異形的事感到蹊蹺，對馬特的求證此時卻遭到了基地主管部門的拒絕。于是他命令高級干員加納利·保羅（Canaly Paul）組織一支敢死隊深入污染區(qū)收集情報。同時，他們把已知的異形情況通知給了徘徊在基地外的軍方。軍方對此高度重視，扶風將軍準備親自趕到基地進行調(diào)查。