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（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已經(jīng)成為了研究基因表達(dá)的重要手段。但是，由于實(shí)驗(yàn)條件、測(cè)序平臺(tái)等原因，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)中常常存在一些噪聲，這些噪聲會(huì)影響我們對(duì)基因表達(dá)情況的判斷。

因此，在進(jìn)行進(jìn)一步的差異分析、功能注釋和生信分析之前，我們需要對(duì)轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，去除掉低質(zhì)量的序列和噪聲，提高數(shù)據(jù)的可靠性和準(zhǔn)確性。

一、什么是轉(zhuǎn)錄組

轉(zhuǎn)錄組是指在一個(gè)時(shí)刻內(nèi)細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄生成的RNA的總和。與基因組相比，轉(zhuǎn)錄組更反映了細(xì)胞內(nèi)基因的表達(dá)情況，能夠?yàn)槲覀兘沂炯?xì)胞內(nèi)部的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及基因功能的變化。因此，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已經(jīng)成為研究基因功能和基因調(diào)控機(jī)制的重要手段。

二、為什么要過濾轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)？

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)往往具有以下問題：

低質(zhì)量的序列：由于測(cè)序儀器或反應(yīng)體系等因素的影響，會(huì)產(chǎn)生一些低質(zhì)量的測(cè)序序列，這些序列不僅會(huì)占用服務(wù)器空間和計(jì)算資源，也會(huì)影響后續(xù)的數(shù)據(jù)分析結(jié)果。

讀長(zhǎng)偏差：由于測(cè)序儀器等因素的限制，測(cè)序數(shù)據(jù)中可能存在長(zhǎng)度偏差，如頭尾序列較短或較長(zhǎng)等，這些偏差會(huì)對(duì)基因表達(dá)水平的計(jì)算造成影響。

噪聲：由于實(shí)驗(yàn)條件等原因，測(cè)序數(shù)據(jù)中常常會(huì)出現(xiàn)一些異質(zhì)性，比如SNP（單核苷酸多態(tài)性）、INDEL（插入/缺失）等，這些異質(zhì)性會(huì)影響后續(xù)的差異分析和功能注釋。

因此，我們需要對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，去除掉低質(zhì)量的序列和噪聲，提高數(shù)據(jù)的可靠性和準(zhǔn)確性。

三、如何對(duì)轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾？

目前，有很多工具可以對(duì)轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾。其中比較常用的工具包括Trimmomatic、Fastp和Cutadapt等。下面小果以Trimmomatic為例，介紹如何對(duì)轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾。

1.準(zhǔn)備工作：仍然是用miniconda安裝Trimmomatic

可以看到安裝成功，版本為0.39

2. 運(yùn)行Trimmomatic

對(duì)于雙末端測(cè)序來說，可以運(yùn)行以下命令：

為了方便理解小果將解釋放在下面：

!!!注意：小果高亮的兩個(gè)文件，在執(zhí)行命令時(shí)要輸入正確的文件路徑和文件名稱。另外因?yàn)樵趯?shí)際工作中我們往往需要處理很多數(shù)據(jù)，比如這次小果準(zhǔn)備過濾9個(gè)文件，每個(gè).sra文件又轉(zhuǎn)化為了read1，read2兩個(gè)文件，所以小果為了偷懶寫了個(gè)腳本，一次性過濾所有數(shù)據(jù)，腳本支持雙端測(cè)序，過濾的數(shù)據(jù)放在同一個(gè)文件夾下，其中的路徑根據(jù)自己的修改即可。

腳本如下：

查看其中一個(gè)文件的日志，最后一行顯示成功！小果淚目！

部分輸出結(jié)果

單末端測(cè)序運(yùn)行以下命令：

還是一樣注意修改文件路徑和文件名稱！

?

好啦，今天的內(nèi)容就到這里了，你學(xué)會(huì)了嗎！

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