宏基因組踩坑筆記（持續(xù)更新）
當(dāng)使用kraken2進行物種注釋時，提示找不到classify腳本
報錯：
Can't exec "$PATH(kraken2)/scripts/classify": No such file or directory at $PATH(kraken2)/scripts/kraken2 line 176.
kraken2: exec error: No such file or directory
原因：
分析源代碼$PATH(kraken2)/scripts/kraken2，這個可執(zhí)行文件是perl腳本，報錯出現(xiàn)在第176行，問題出現(xiàn)在常量$CLASSIFY，該常量最初在第28行定義：my $CLASSIFY = "$KRAKEN2_DIR/classify";根據(jù)報錯信息，可以確定$KRAKEN2_DIR被記錄為kraken2文件夾下的script目錄下，而classify位于src目錄下，故定位錯誤。
解決方法：
最簡單的方法是把src目錄下的所有腳本移動到script目錄下（可能需要權(quán)限）
>mv /biosoft/kraken2-2.1.2/src/* /biosoft/kraken2-2.1.2/scripts/
當(dāng)然也可以修改源代碼中$KRAKEN2_DIR的定義。
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