在GameFreak宣布推出《寶可夢(mèng) 朱紫》的DLC“零之秘寶”之后，官方也開啟了本作與《寶可夢(mèng)GO》的聯(lián)動(dòng)。不過(guò)在Reddit上，很多玩家表示自己遇到了《寶可夢(mèng) 朱紫》與《寶可夢(mèng)GO》同步數(shù)據(jù)后丟失存檔的惡性bug，任天堂官方在接受bug反饋之后表示正在調(diào)查。

在《寶可夢(mèng) 朱紫》與《寶可夢(mèng)GO》的聯(lián)動(dòng)中，玩家可以通過(guò)游戲之間發(fā)送明信片的形式，在《寶可夢(mèng)GO》中使用“重要的寶箱”，在其周圍收服索財(cái)靈的徒步形態(tài)，而《寶可夢(mèng) 朱紫》中玩家也可以遇到不同花紋的彩粉蝶。所以對(duì)于國(guó)外玩家來(lái)說(shuō)，這是獲得《寶可夢(mèng) 朱紫》中無(wú)法直接收服的寶可夢(mèng)的重要途徑。不過(guò)很多玩家在同步數(shù)據(jù)之后就出現(xiàn)了《寶可夢(mèng) 朱紫》存檔文件損壞，無(wú)法識(shí)別的情況。甚至有玩家因?yàn)橘?gòu)買了游戲季票下載對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)后，存檔被刪除。任天堂官方回應(yīng)稱他們正在調(diào)查這個(gè)bug，并且建議玩家們目前不要將《寶可夢(mèng) 朱紫》與《寶可夢(mèng)GO》數(shù)據(jù)進(jìn)行同步。

《寶可夢(mèng)GO》的同步bug，對(duì)于國(guó)內(nèi)玩家來(lái)說(shuō)也算是躲過(guò)一劫，但是在《寶可夢(mèng)Home》還沒(méi)有與《寶可夢(mèng) 朱紫》打通的現(xiàn)在，還是不能掉以輕心，畢竟不能排除聯(lián)動(dòng)寶可夢(mèng)的問(wèn)題，誰(shuí)也不想自己好不容易收服的閃光寶可夢(mèng)直接隨著存檔消失。有玩家表示很可能是不同花紋的彩粉蝶所導(dǎo)致的問(wèn)題，建議不要在改變花紋的彩粉蝶附近存檔。