凝膠分析軟件- BandScan——實(shí)驗(yàn)做得好，軟件不可少！
某些圖像不能被識(shí)別怎么辦？如何計(jì)算分子量和定量分析？如何查看和輸出各種計(jì)算結(jié)果？等等問(wèn)題在還沒(méi)開(kāi)始實(shí)驗(yàn)就困擾著你。實(shí)驗(yàn)做得好，軟件不可少！今天小編為大家介紹一款凝膠分析軟件-?BandScan
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它是一款通用的電泳膠條帶定量分析軟件?？梢允謩?dòng)、自動(dòng)找到條帶，手動(dòng)的條帶可以是無(wú)規(guī)則的，可以清除背景?？梢赃M(jìn)行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。并且直接使用掃描儀?？梢詫?shù)據(jù)輸出到excel文件。是一個(gè)很常用的凝膠圖像分析軟件，用它分析蛋白表達(dá)量。功能包括凝膠圖像分析、光密度掃描、分子量計(jì)算、自動(dòng)查找條帶、雜點(diǎn)去除、電泳遷移校正功能。是一款非常好用的圖像處理類(lèi)生物軟件。
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BandScan 5.0軟件下載：
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1Bpb3gGPQrOGX9Gr4jrDTGA
提取碼：9q5n
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下面就以一個(gè)表達(dá)的一個(gè)蛋白圖來(lái)示范這個(gè)軟件分析的過(guò)程。最后結(jié)果是得到目的蛋白占總蛋白的百分?jǐn)?shù)。
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1、打開(kāi)一張掃描好的電泳圖。BandScan可以識(shí)別TIF和jpG格式的圖片，很方便。打開(kāi)工具欄上的file/open tiff，jpg file format，選中待分析的圖片。
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2、打開(kāi)。這時(shí)候凝膠圖像顯示出來(lái)。1道是低分子量標(biāo)準(zhǔn)，2道是誘導(dǎo)表達(dá)的蛋白，3道是未誘導(dǎo)的對(duì)照。旁邊有一個(gè)圖像預(yù)覽窗口Image Preview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。其實(shí)這里是要你先選定一個(gè)圖像處理的范圍（select rectangle）。
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3、從凝膠圖左上角按住鼠標(biāo)左鍵劃到右下角，松開(kāi)鼠標(biāo)，劃出的長(zhǎng)方形框包擴(kuò)了整個(gè)待分析的范圍。這時(shí)，命令框內(nèi)均變成黑色的（可以操作）。上面那個(gè)undo rect可以取消選框，下面的image options可以選擇是否和如何旋轉(zhuǎn)圖像。本例中均不改動(dòng)，直接單擊accept selected region。
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4、出現(xiàn)color to signal selections復(fù)選框。這個(gè)是選擇信號(hào)檢測(cè)方式，直接用默認(rèn)的original image，或選擇gray scale（灰階）。本例中不改動(dòng)，單擊use current image。
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出現(xiàn)如下分析框。它是自動(dòng)轉(zhuǎn)換成灰階的。其左上角的數(shù)字是鼠標(biāo)所在的坐標(biāo)和灰度值。移動(dòng)鼠標(biāo)就可以看到它的變化。
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5、現(xiàn)在讓BandScan來(lái)分析一下電泳條帶吧：）打開(kāi)工具欄上的band finding/find bands，出現(xiàn)一個(gè)讓你選擇有幾條泳道的框selecting number of lanes，設(shè)置成3道。
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6、當(dāng)每一個(gè)條帶都自動(dòng)被框起來(lái)了：）紅色+記號(hào)是條帶的中心位置，蘭色豎線(xiàn)是泳道位置。同時(shí)出現(xiàn)了一個(gè)復(fù)選框select more or select few bands。可以根據(jù)總灰度、最大灰度和大小為標(biāo)準(zhǔn)來(lái)自動(dòng)選擇蛋白條帶。拉動(dòng)左邊的滾動(dòng)條，可以增加或減少條帶的數(shù)量。選好后單擊ok。
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7、現(xiàn)在就可以看看蛋白的表達(dá)量了。打開(kāi)window/band table。出現(xiàn)了一個(gè)band location的表格。把它最大化，放到右邊。這里的數(shù)據(jù)是每個(gè)條帶的中心位置（紅色+的位置）。
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8、在band location的數(shù)據(jù)類(lèi)型data type中，選擇percent signal，就會(huì)出現(xiàn)各個(gè)條帶灰度值占本泳道條帶總灰度值的百分比。
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9、單擊自己的表達(dá)條帶，則條帶中心的+和相應(yīng)的百分?jǐn)?shù)的背景都會(huì)變成綠色。我表達(dá)的融合蛋白約占細(xì)菌總蛋白的29.8%。我們要的數(shù)據(jù)就得到了。
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BandScan還有其他功能比如通過(guò)設(shè)定一個(gè)條帶的量（標(biāo)準(zhǔn)）來(lái)推斷表達(dá)蛋白的量、手動(dòng)方式加入未被自動(dòng)選擇的條帶等等，更多相關(guān)問(wèn)題，歡迎大家留言討論。
