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科研代碼分享|R可視化:腫瘤預(yù)后模型之Cox回歸分析后用R語言繪制森林圖

2022-06-20 15:48 作者:爾云間  | 我要投稿

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已經(jīng)2022年了,預(yù)后模型分析還是純生信分析的熱點內(nèi)容之一,小編之前的推文中已經(jīng)分享過KM生存曲線、Cox回歸分析,以及各種風(fēng)險曲線、列線圖、校準(zhǔn)曲線和決策曲線,大家感興趣的話可以在往期內(nèi)容中查找,本著“做戲做全套”的原則,本次推文中介紹森林圖的畫法,通過R代碼實現(xiàn)文獻中的下圖。

Li X, He J. A Novel Pyroptosis-Related Gene Signature for Early-Stage Lung Squamous Cell Carcinoma. Int J Gen Med. 2021;14:6439-6453. Published 2021 Oct 5. doi:10.2147/IJGM.S331975

森林圖(forest plot),從定義上講,它一般是在平面直角坐標(biāo)系中,以一條垂直于X軸的無效線(通常坐標(biāo)X=1或0)為中心,用若干條平行于X軸的線段,來表示每個研究的效應(yīng)量大小及其95%可信區(qū)間,并用一個棱形來表示多個研究合并的效應(yīng)量及可信區(qū)間,它是Meta分析中最常用的結(jié)果綜合表達形式,現(xiàn)在也廣泛應(yīng)用在biomarker此類研究中。

今天分享的內(nèi)容具體包括:輸入數(shù)據(jù)和具體繪圖代碼部分,帶大家一起復(fù)現(xiàn)該圖。

輸入文件為Cox回歸分析結(jié)果,共51列為基因id;第2列為HR值;第3列為誤差條 95%置信區(qū)間下限;第4列為誤差條 95%置信區(qū)間上限 ;第5列為pvalue值。

下圖為示例數(shù)據(jù)分析結(jié)果,大家可以根據(jù)自己的數(shù)據(jù)來進行結(jié)果展示。

參考資料:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/340207465

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件,請掃碼聊天框回復(fù) “B20”領(lǐng)??!? ?



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