1、配套體系不夠完善

　　目前，我國企業(yè)還沒有發(fā)展形成一個有利于提高微生物肥料技術(shù)應(yīng)用的農(nóng)業(yè)施肥、推廣和監(jiān)管制度體系。在發(fā)達(dá)地區(qū)國家大豆接種根瘤菌已成為常規(guī)耕作措施，而我國中國東北大豆根瘤菌的接種率卻不到10%。

　　玉米、水稻等大田作物化肥施用過量，微生物肥料和有機肥施用少，短期行為普遍，推廣和政策支持明顯不足。同時，微生物肥料市場混亂，國家對微生物肥料的質(zhì)量監(jiān)管還沒有形成完善的法規(guī)和產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn)。

　　2. 菌株純度不高，針對性不強

　　微生物肥料具有生態(tài)適應(yīng)性，應(yīng)根據(jù)當(dāng)?shù)厣鷳B(tài)狀況、作物品種、土壤類型、耕作方法等確定施用方式和施用量，篩選出適應(yīng)性較強的功能菌株，取得較好的效果。

　　但絕大多數(shù)微生物肥料企業(yè)仍在使用分離篩選、傳統(tǒng)育種等相對落后的菌種選育技術(shù)，導(dǎo)致微生物肥料的區(qū)域針對性和適應(yīng)性較差，甚至個別企業(yè)提純復(fù)壯不到位，造成菌種純度下降、活性衰減、田間效果不穩(wěn)定或快速下降。

　　3、作用效果不穩(wěn)定

　　微生物肥料的應(yīng)用研究效果受很多企業(yè)因素分析影響，除肥料本身的活性菌種類、含量、純度等內(nèi)在文化因素外，環(huán)境發(fā)展條件同時也是社會影響肥料效果的重要經(jīng)濟因素，如底物濃度、溫度、濕度、土壤pH 值等，導(dǎo)致我國很多其他微生物肥料的使用效果與預(yù)期結(jié)果相差很多，并且地塊間，年度間的差別具有很大。