多組學聯(lián)合分析的思路，為機制探究提供更多的可能。今天，來說一下轉錄組和蛋白組聯(lián)合分析。以“transcriptome and proteome”作為關鍵詞，在PubMed中檢索，發(fā)現(xiàn)近一年相關文獻已經(jīng)有2219篇了，可見是一個比較火的熱點話題。

然而，發(fā)表的分值卻差別較大，3分到幾十分不等。同樣的主題，為什么差異這么大呢？小薇今天就選擇幾篇文章，看看他們的研究思路是怎樣變化的，如何才能實現(xiàn)從低分到高分的進階。

Integrative analysis of the proteome and transcriptome in gastric cancer identified LRP1B as a potential biomarker. Biomark Med. 2022 Oct;16(15):1101-1111. [PMID: 36606427；IF=2.498；4區(qū)]

研究主題：對胃癌的蛋白質組和轉錄組進行整合分析，發(fā)現(xiàn)LRP1B是一個潛在的生物標志物。

細胞樣本：兩株人胃腺癌細胞株(MKN45和AGS)；正常胃上皮細胞系(GES-1)

測序分析：DIA蛋白組學檢測篩選差異蛋白。RNA測序數(shù)據(jù)從TCGA下載，獲得差異基因。整合后，選擇轉錄組和蛋白組中變化最顯著的LRP1B進行功能研究。

小薇碎碎念：這篇文章只有蛋白組的數(shù)據(jù)是自測的，并且是細胞數(shù)據(jù)；而轉錄組數(shù)據(jù)是TCGA中獲得的組織RNA數(shù)據(jù)。文章設計的缺陷還是比較明顯的，兩種組學的數(shù)據(jù)并不匹配，所以整體來說不太好發(fā)高分。

What Do the Transcriptome and Proteome of Menstrual Blood-Derived Mesenchymal Stem Cells Tell Us about Endometriosis? Int J Mol Sci. 2022 Sep 29;23(19):11515. [PMID: 36232817；IF=6.208；2區(qū)].

研究主題：經(jīng)期血源性間充質干細胞的轉錄組和蛋白質組告訴我們子宮內(nèi)膜異位癥的什么?

研究樣本：收集子宮內(nèi)膜異位癥患者和健康對照志愿者的經(jīng)血，消毒后培養(yǎng)，獲得月經(jīng)間充質干細胞。

測序分析：RNA-seq進行轉錄組測序篩選差異基因；UHPLC-MS/MS進行蛋白組測序篩選差異蛋白。差異基因和蛋白進行整合，對這些重合靶點進行GSEA功能富集分析。

小薇碎碎念：該研究整體不復雜，測序后的分析只做了個功能富集分析?？梢?，保證同一套樣本后，即使沒有做過多的分析，也能發(fā)到四分以上。

Comparative transcriptome and proteome profiles reveal the regulation mechanism of low temperature on garlic greening. Food Res Int. 2022 Nov;161:111823. [PMID: 36192892；IF=7.425；1區(qū)].

研究主題：通過轉錄組和蛋白質組的比較，揭示了低溫對大蒜變綠的調控機制。

研究樣本：4°C（變綠）和30°C（不變綠）儲藏條件下的大蒜。

測序分析：RNA-seq轉錄組篩選差異基因；iTRAQ技術蛋白質組篩選差異蛋白。差異蛋白和基因進行聯(lián)合分析，進行GO和KEGG分析，篩選出一些關鍵的通路。用qPCR對通路上的關鍵基因的表達水平進行檢測（流程圖如下）。

小薇碎碎念：這篇文章在差異基因和蛋白整合后，進行了GO和KEGG分析，最后用qPCR對重點關注的基因進行驗證。稍微添加點實驗可以使文章更上一個水平。

Whole transcriptome and proteome analyses identify potential targets and mechanisms underlying tumor treating fields against glioblastoma. Cell Death Dis. 2022 Aug 18;13(8):721. [PMID: 35982032；IF=9.685；1區(qū)].

研究主題：全轉錄組和蛋白質組分析確定了潛在的靶點和潛在的腫瘤電場療法對抗膠質母細胞瘤的機制

研究樣本：DBTRG和U251細胞，并且用TTFields干預。

測序分析：TMT標記蛋白質組學；全轉錄組分析（mRNAs、miRNAs、lncRNAs和circRNAs）；篩選差異蛋白、mRNAs、miRNAs、lncRNAs和circRNAs；對所有的差異靶點進行功能富集分析，發(fā)現(xiàn)影響核蛋白和細胞有絲分裂相關事件。隨后證實抑制自噬可以增強TTFields治療效果。另外，一個lncRNA CDK2-as1是潛在的靶點，對其功能做了研究。

小薇碎碎念：這篇文章比較完整，發(fā)現(xiàn)TTFields影響的功能可能與自噬有關。沿著這個線索，做了細胞實驗的驗證，并且選擇一個關鍵的靶點進行詳細的實驗。

大致分享完這幾篇后，不知道大家發(fā)現(xiàn)其中的規(guī)律沒有。簡單的測序和功能富集分析是必須的，最好是可以保證同一套樣本。想要文章質量更上一層樓，可以對基因/蛋白影響的通路進行詳細的研究；還可以對關鍵的基因進行功能實驗研究。從另一個角度來說，實驗量的多少也能反映出文章的質量。大家學廢了嗎？