（1）知識(shí)產(chǎn)權(quán)技術(shù)含量不高
企業(yè)僅為了申報(bào)高企而申請(qǐng)軟著，知識(shí)產(chǎn)權(quán)關(guān)聯(lián)性低，甚至于軟著與研發(fā)項(xiàng)目和產(chǎn)品的關(guān)鍵技術(shù)毫無關(guān)聯(lián)。
（2）科技成果與產(chǎn)品關(guān)聯(lián)性低
一部分企業(yè)“強(qiáng)行轉(zhuǎn)化”，知識(shí)產(chǎn)權(quán)跟研發(fā)項(xiàng)目和主營產(chǎn)品嚴(yán)重不匹配，成果與產(chǎn)品幾乎無關(guān)聯(lián)。
（3）人事、財(cái)務(wù)等管理制度存在漏洞
近兩年來新成立的企業(yè)財(cái)務(wù)管理方面就相對(duì)松散，造成賬目混亂，使審核專家對(duì)其各項(xiàng)管理制度存疑，造成扣分。
（4）團(tuán)隊(duì)缺少申報(bào)資料編寫經(jīng)驗(yàn)
對(duì)于中小企業(yè)和第一次申報(bào)的企業(yè)而言，團(tuán)隊(duì)缺少申報(bào)資料編寫實(shí)操經(jīng)驗(yàn)，不清楚材料具體應(yīng)當(dāng)怎樣準(zhǔn)備。